Роден е на 29 септември 1848 година в Санкт Петербург, Русия в семейството на потомствения дворянин генерал Дмитрий Ивановеч Скобелев. Завършва пансион в Париж (Франция). Учи в Петербургския университет, но е изключен поради участие в студентски вълнения (1861 година).
Ориентира се към военна кариера. Служи в Полша и участва в потушаването на Варшавското въстание (1863-1864). Завършва Николаевската военна академия на Генералния щаб в Санкт Петербург и през 1868 г. е изпратен в Туркестан. Там прекарва по-голямата част от службата си. Участва в превземането на Хива (1874) и в похода срещу Коканд (1875), по време на който превзема град Андижан. Повишен във военно звание генерал-майор. Скобелев е първият руски губернатор на Фергана.
Участие в Руско-турската война (1877-1878)
При започването на Руско-турската война през лятото на 1877 г. генерал-майор Михаил Скобелев е прехвърлен в Дунавската руска армия. В нейния състав командва Кавказката казашка бригада при Обсадата на Плевен. Разработва плана за атаката на Ловеч и командва лявата колона при превземането му. Участва в третата атака на Плевен. Участва с успех в зимното преминаване на Стара планина и в битката при Шейново в началото на 1878 г. Военните му умения създават войнишката поговорка „Където е Скобелев, там е победата“. Повишен е в звание генерал-лейтенант (1877), генерал-адютант (1878), генерал от пехотата (1880).
След войната
След Руско-турската война Михаил Скобелев се завръща в Туркестан, където ръководи завоюването на голяма част от днешен Туркменистан. В началото на 1881 г. превзема крепостта Гьоктепе, където избива цялото мъжко население в околността. Докато напредва с армията си към Ашхабад, е отзован и е назначен за командващ армейския корпус в Минск.
В края на живота си Скобелев се ангажира с активни политически позиции. След като в началото на 1882 г. произнася речи в Париж и Москва, в които се застъпва за крайния панславизъм и предрича сблъсък между славяни и германци, предизвиква недоволството на правителството и е извикан в Санкт Петербург. На път към столицата, Скобелев умира от инфаркт на 25 юни 1882 година в град Москва. Този ден цяла Москва отдала почит на война. Руската генерал щабна академия поставила на гроба венец със следното съдържание: „На героя Скобелев, пълководец, равен на Суворов”.
Памет
След Руско-турската война в Плевен, на мястото на някои от най-тежките боеве по време на обсадата на града, е създаден „Парк Скобелев“, в който се намира Плевенската панорама и негов паметник. С. Скобелево и улици в София, Варна, Шумен, Плевен и Ловеч носят неговото име.